通常将其设计为三格化粪池。新鲜的粪便通过厕所管道进入一个水箱。粪便中的沼气开始发酵和分解。由于比重不同，粪便可分为三层。或颗粒肥料。中间层是相对清晰的肥料。上层和下层包含多的和寄生虫卵。中间层包含少数量的卵。初步发酵的中间层液体通过化粪池流向第二个。在第二个单元中，第二个单元在酶分解和沉淀后溢流到第三个单元，第三个单元经过沉淀和过滤，流到下水道。
按照化粪池的技术标准，化粪池的污泥清掏时间一般为90天、180天、360天，被清掏的污泥可以作为有机肥料，或者进行无害化处置。但是，随着化肥的广泛使用，社会的发展，使用粪便肥料越来越少，与此同时，我国污泥处置行业严重滞后，粪便污泥的无害化处理不足，我国13.6亿人每年产生超亿吨的粪便污泥，根据统计局数据，2012年无害化处理的粪便污泥只有801.4万吨。大量粪便污泥的清掏转移，造成了二次污染。因此，如果不能解决化粪池污泥的无害化处置问题，化粪池污泥就会成为水污染的污染源，化粪池问题是关系水污染治理成效的环保问题。
三格化粪池由相联的三个池子组成，中间由过粪管联通，主要是利用厌氧发酵、中层过粪和寄生虫卵比重大于一般混合液比重而易于沉淀的原理，粪便在池内经过30天以上的发酵分解，中层粪液依次由1池流至3池，以达到沉淀或杀灭粪便中寄生虫卵和肠道致病菌的目的，第3池粪液成为优质化肥。
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